目前蛋白質化學合成研究中,固相合成方法是最常用也是最簡便的方法，該方法在合成長鏈多肽時同樣效果顯著，但是隨著肽鏈的延長，反應會逐漸變得更難進行（比如大于150個氨基酸），隨著序列的增長，縮合反應空間位阻增大，為了反應完全， 需要增加反應時間；但是隨著反應時間的延長，其產生的副反應就越多， 一些缺殘基的目標肽就隨之產生。
這些缺殘基的肽鏈也是 長肽合成過程中所產生的主要雜質。 因此，長肽的合成過程中，我們需要克服的主要困難是探索更優(yōu)質的反應條件和反應方法， 從而使氨基酸縮合反應進行的更充分更徹底。同時縮短反應時間，因為反應時間越長，不可 控的副反應相對的就越多，副產物就越復雜。
我們經過多年的摸索與積累，總結出以下經驗：
(1)采用微波合成法：對于合成過程中出現的一些難以縮合的氨基酸，我們采用微波法進 行合成，該方法效果顯著，并且大大縮短了反應時間，同時減少了兩種主要副產物的 產生。
(2)采用片段合成法：當某些多肽用常規(guī)合成方法合成困難，并且難以純化時，我們也會 采用將多肽中某一段的某幾個氨基酸縮合之后作為一個整體縮合到肽鏈上去，這種方 法也能夠解決許多合成中存在的問題。
(3)采用酰肼合成法：酰肼法合成多肽的方法是固相合成的N 末端Cys 多肽和C 末端多肽 酰肼之間的化學選擇性反應形成酰胺鍵而實現多肽連接的方法。該方法根據肽鏈中 Cys的位置，將整條肽鏈分成多條序列分別合成，最終經過液相合縮反應得到目標肽， 該方法不僅大大縮短了長肽合成時間，而且顯著地提高了最終產物純度，因此廣泛適 用于含有Cys的長鏈多肽的合成。
